A czym chcesz zarządzać w tym androidzie , myślałeś może o tym aby odpalić sobie ssh w telefonie i w ten sposób możesz dużą część spraw załatwić , wiem że to bieda tak czy inaczej ale zawsze coś

Jeśli korzystasz z WIFI to zainstaluj sobie na telefonie aplikację SwiFTP (czyni z telefonu serwer FTP) wtedy choćby za pomoca FileZilli będziesz mógł zarządzać plikami. Jeszcze prościej wystarczy podłączyć telefon przez USB i za pomoca np. Nautilusa.
Co do programów dedykowanych to twórca Android Commandera zapowiedział jakiś czas temu, że wykona port na linuksa

I jak zapowiedział, tak zrobił.
Android Commander już jest na Pingwinka